สถานีพัฒนาที่ดินสมุทรสาคร ได้เริ่มจัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 28 มีนาคม พ.ศ.2507
ในสมัยเริ่มตั้งใช้ชื่อว่าศูนย์พัฒนาที่ดินสมุทรสาคร สังกัดกองบริรักษ์ที่ดิน กรมพัฒนาที่ดินการจัดตั้งศูนย์พัฒนาที่ดิน
ที่ดินเค็มสมุทรสาครก็ด้วยเหตุผลที่ว่า ประเทศไทยมีพื้นที่ดินเค็มหบายแสนไร่ ซึ่งพื้นที่ดินเค็มเหล่านั้นถูกใช้ประโยชน
์ในด้านการประมง นาเกลือป่าฟืนและทิ้งไว้ให้ว่างเปล่าโดยมิได้ทำประโยชน์ใดๆ เลย จึงนับได้ว่าพื้นที่ดินเค็มมีความ
สำคัญต่อเศรษฐกิจของประเทศการใช้ประโยชน์จากพื้นที่ดินเค็มซึ่งเป็นดินที่เสื่อมค่าเหล่านั้นให้เกิดประโยชน์สูงสุดนับ
ว่ามีความสำคัญ ดังนั้นจึงต้องมีการศึกษา ค้นคว้า ทดลอง เพื่อนำพื้นที่ดัังกล่าวใช้ประโยชน์ในทางเกษตรกรรม
ให้ได้ผลคุมค่าต่อไป

         นอกเหนือจากพื้นที่ดินเค็มดังกล่าวแล้วนั้น ในพื้นที่อื่นๆประชากรส่วนใหญ่ประกอบอาชีพทางด้านการเกษตรกรรม ยังขาดความรู้ด้านการพัฒนาที่ดินเช่นการอนุรักษ์ดินและน้ำการปรับปรุงบำรุงดินการใช้ประโยชน์ที่ดินให้ถูกต้องตาม
สมรรถนะของดินซึ่งจะเป็นการช่วยเพิ่มผลผลิตในไร่นาโดยตรงอันเป็นผลสะท้อนถึงผลผลิตส่วนร่วมของประเทศไทยด้วย
ดังนั้นในปี พ.ศ.2514ศูนย์พัฒนาที่ดินสมุทรสาครจึงได้เปลี่ยนชื่อเป็น"ศูนย์พัฒนาที่ดินสมุทรสาคร " ซึ่งมีหน้าที่รับผิดชอบ
ด้านการพัฒนาที่ดินโดยทั่วไปในเขตจังหวัดสมุทรสาครและจังหวัดสมุทรสงคราม

        ในปี พ.ศ.2527 กรมพัฒนาที่ดินได้แบ่งส่วนราชการใหม่มีสำนักงานพัฒนาที่ดินเขต ซึ่งมีฐานะเทียบเท่ากองกระจายตามส่วนภูมิภาค
ของประเทศรวม 12 เขต และศูนย์พัฒนาที่ดินสมุทรสาครได้เปลี่ยนชื่อเป็น " สถานีพัฒนาที่ดินสมุทรสาคร " ขึ้นอยู่กับ
สำนักงานพัฒนาที่ดินเขต 10 ราชบุรี (ตั้งอยู่ที่จังหวัดราชบุรี) ซึ่งเป็นเขตที่รับผิดชอบ 6 จังหวัด คือราชบุรี กาญจนบุรี
เพชรบุรี ประจวบคีรีขันธ์สมุทรสาครและสมุทรสงครามเพื่อให้การปฏิบัติงานของกรมพัฒนาที่ดินสามารถสนองนโยบาย
ของรัฐบาลได้อย่างมีประสิทธิภาพสถานีพัฒนาที่ดินสมุทรสงคราม จึงได้เริ่มจัดตั้งขึ้นโดยคำสั่งกรมพัฒนาที่ดิน
ที่ 227/2546 ลงวันที่ 21 กุมภาพันธ์ 2546 สมร่าง

          เมื่อวันที่ 10 เมษายนได้มีการออกพระราชกฤษฎีกา แบ่งส่วนราชการกรมพัฒนาที่ดิน กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ.2527 ให้มี 9 กอง 13 สำนัก โดยมีสำนักงานเลขานุการกรมและสำนักงานพัฒนาที่ดินเขตกระจายอยู่ตามส่วนภูมิภาค 12 เขตโดยสถานีพัฒนาที่ดินสมุทรสงครามเป็นสถานีที่ 72 ได้เริ่มเปิดทำการเมื่อวันที่ 21 กุมภาพันธ์ 2546 โดย
ได้ทำการเช่าตึกอาคารพานิชย์ เลขที่ 84/3 ม.11 ต.บ้านปรก อ.เมือง จ.สมุรสงคราม เนื่องจากยังไม่ได้พื้นที่ราชพัสดุ
ของทางราชการ ในการก่อสร้างสถานี ต่อมาเมื่อวันที่ 1 ธันวาคม 2549 ทางผู้ว่าราชการจังหวัดสมุทรสงคราม
ได้มอบพื้นที่ราชพัสดุเพื่อทำการก่อสร้างสถานีในพื้นที่ 5 ไร่ ซึ่งตั้งอยู่ที่ 99/9 หมู่ที่ 5 ตำบลบางแก้ว อำเภอเมือง จังหวัดสมุทรสงครามและได้ทำการย้ายสถานีเมื่อวันที่ 24 กันยายน 2550 มีพื้นที่อยู่ในความรับผิดชอบ จำนวน 3 อำเภอ
คืออำเภอเมือง อำเภออัมพวาและอำเภอบางคนที